稳定同位素质谱仪是一种测带电粒子质量和分析同位素的重要工具，其原理是通过对微观带电粒子在电磁场中的运动规律的测量来得到微观粒子的质量。带电粒子在电场中受到库仑力，在磁场中受到洛仑兹力。
由于力的作用，微观粒子会具有加速度，以及与加速度对应的运动轨迹。微观粒子质量不同时，加速度以及运动轨迹就会不同。通过对微观粒子运动情况的研究，可以测定微观粒子的质量。
稳定同位素质谱仪一般配备以下进样系统，供测定不同样品时选用。
一、直接进样
1、探头进样：单组分、挥发性较低的液体或固体样品，可在高真空条件下，用进样杆把样品通过真空闭锁装置送入离子源中被加热气化，并被离子源离子化。
2、储罐进样：低沸点的样品，将其气化并导入抽真空的加热气罐中，以恒定的流速由储罐通过一个小孔(分子漏孔)导入离子源。
二、色谱联用进样：
对于复杂多组分的样品，采用质谱仪与色谱仪联用的方式，色谱先将多组分分离成单一组分，再通过“接口”导入质谱进行分析。
稳定同位素质谱仪中有一个关键的参数，那就是“质量分辨能力”。在英文中可以是“Massreso lving power”或者“massresolution”。这两个概念通常都是指(m/z)/(∆(m/z))。其中（m/z）是质谱上读出的质量，∆(m/z)有不同定义。
它可以是两个相邻峰10%Valley或者50%Valley的中值之差；它也可以是一个峰的半高度处的宽度(FWHM)。大家常用的MAT253，它的massreso lving power是200左右。这对测量常规的C,H,O,S,N气体同位素比值绰绰有余了。
